Az elektromos ID.3 a lehető legmagasabb minősítéssel zárta az Euro NCAP (European New Car Assessment Programme) biztonsági tesztjeit, a vizsgáztatók ugyanis minden kritérium szerint – a felnőtt és gyerekutasok, illetve a védettség nélküli közlekedők védelme, valamint a vezetői segédrendszerek terén – egyaránt kedvező minősítéssel ismerték el a Moduláris elektromos platform (MEB) műszaki alapjaira épülő első modellt.
A felnőtt utasok védelmének értékelése többek között frontális és oldalirányú ütközések, valamint az ostorcsapás-jellegű mozgások okozta traumák tesztjeire épül. Ezen ütközési vizsgálatok, illetve a gyors és biztonságos mentést és kiszabadítást szolgáló biztonsági megoldások értékelése alapján az ID.3 esetében 87 százalékos védelmi fok adódott a vezető és felnőtt utasai, valamint 89 százalék a gyerekutasok számára.
Utóbbi értékelés három fontos szemponton alapul: a gyerekvisszatartó biztonsági rendszerek frontális vagy oldalirányú ütközés során nyújtott védelme mellett a különböző méretű gyermekülések beépítésének lehetőségei, illetve a jármű által a gyerekek biztonságos szállításához kínált felszerelések álltak a középpontban.
A bennülők védelme mellett az Euro NCAP azt is vizsgálja, milyen hatékonyan védik gázolásveszély esetén az Automatikus vészfék-rendszerek (Automatic Emergency Braking; AEB) a közlekedés védettség nélküli résztvevőit. A tesztelők a szériafelszereltséghez tartozó további vezetői segédrendszerekre is nagy hangsúlyt fektettek. Pozitívum, hogy a Sávtartás-asszisztens (Lane Assist) és a Vészfékasszisztens (Front Assist) az ID.3 mindegyik felszereltségi változatában rendelkezésre áll a fedélzeten. Első ízben a Volkswagennél, az ID.3 úgynevezett Középső légzsákot (Center Airbag) is tartalmaz első ülései között, amely például oldalirányú ütközés esetén megelőzheti a vezető és az első utas esetleges fejkontaktusát.
Extrafelszerelésként a Volkswagen további high-end vezetői segédrendszereket is kínál. Ilyen a követési távolságot tartó és előretekintő sebességérzékeléssel kiegészített Adaptív sebességszabályzás (Adaptive Cruise Control; ACC), míg a Menetasszisztens (Travel Assist) egészen 160 kilométer/órás sebességig lehetővé teszi a támogatott vezetést. A Közlekedési torlódás asszisztens (Traffic Jam assist), a parkolóhelyről kiállást segítő funkcióval (Rear Traffic Alert) kiegészített Holttér-érzékelés (Blind Spot Sensor), a Vészhelyzet-asszisztens (Emergency Assist) és a Parkolási asszisztens (Park Assist) szintén nagyban hozzájárul a biztonságos, nyugodt vezetéshez.
Ötcsillagos értékelésével az ID.3 folytatja a Volkswagen Euro NCAP sikersorozatát, amelyben legutóbb az új Golf és a T-Cross érte el a legmagasabb minősítést. Az Európai Újautó-értékelési Program (European New Car Assessment Programme) immár 1997 óta szolgál az új gépkocsik biztonsági színvonalának szigorú mércéjéül, naprakész tájékoztatást nyújtva az autóvásárlóknak a népszerű új modellek biztonságáról. Az elmúlt évek során a vizsgálati eljárások, valamint a szériafelszereltséghez tartozó vezetői segédrendszerekre és a passzív biztonságra vonatkozó követelmények egyaránt szigorúbbá váltak.